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    生物信息學服務
    LDA EffectSize分析 (LEfSE)
    【添加時間:2016-09-12 09:33:28】【來源:】【作者:dggadmin】
            LEfSE分析可以實現多個分組之間的比較,還進行分組比較的內部進行亞組比較分析,從而找到組間在豐度上有顯著差異的物種(即biomaker)。
            LDA值分布柱狀圖展現不同組中豐度有顯著差異的物種,柱狀圖的長度代表顯著差異物種的影響大小。進化分支圖由內至外輻射的圓圈代表了不同的分類級別(例如從界到屬)。每一個小圓圈代表該水平下的一個分類,小圓圈直徑大小與相對豐度大小呈正比。無顯著差異的物種統一著色為黃色,差異物種按分組顏色著色。
     
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    圖1  LDA值分布柱狀圖(A)和進化分支圖(B)

     
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    圖2 LEfSE分析顯示不同分組之間的種群豐度差異(以Acidobacteria門為例)

    參考文獻:Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.



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