生物信息學(xué)服務(wù)
共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)(Co-occurrence)
【添加時間:2016-09-12 09:35:08】【來源:】【作者:dggadmin】
        Co-occurrence網(wǎng)絡(luò)可以揭示微生物群落中菌群之間的生態(tài)學(xué)關(guān)系。在正相關(guān)為主的網(wǎng)絡(luò)中,網(wǎng)絡(luò)模塊(module)相當于適應(yīng)同一生態(tài)位的菌群,它們傾向于共發(fā)生。通過Mantel test可以找出影響這些模塊的關(guān)鍵環(huán)境因子。每個網(wǎng)絡(luò)包含的樣品數(shù)目最好不低于8個。  
\
圖1 兩個Co-occurrence網(wǎng)絡(luò)
        ?圖中的節(jié)點表示OTU,邊(兩節(jié)點之間的連線)表示兩個OTU存在顯著正相關(guān)(Spearman ρ>0.6, p<0.01)。節(jié)點大小表示該節(jié)點的邊數(shù)目多少,邊的粗細代表相關(guān)性大小,顏色代表同一模塊,節(jié)點標簽是OTU所屬菌群分類。



上一篇:LDA EffectSize分析 (LEfSE)
下一篇:16S rRNA基因預(yù)測功能 (PICRUSt)